故事发生在80年代的日本乡下初中。此时的古畑任三郎还是一个穿着学生服、喜欢钻研奇怪冷知识的中学生。他因为总是用挑剔的逻辑指出老师的错误，而被全班同学孤立。唯一愿意和他说话的，是事事追求完美的女班长美雪。最近，校园里发生了一系列“诡异”事件：体育仓库的垫子被重新摆放、化学室的酒精灯被人点亮又熄灭、教师办公室的盆栽被修剪成奇怪的形状。所有人都认为是灵异事件，美雪则认为是校外人员所为。只有古畑眯起眼睛，笑着说：“不，这是一个追求极致完美主义的犯人在给我们的挑战书。”于是，史上最年轻的名侦探，展开了他的初次推理。
作为国民级推理剧的前传，本作意外地好看。它将“日常之谜”的趣味性发挥到了极致，中年版古畑的招牌动作和台词都有了合理的起源解释。校园氛围营造得很好，少年古畑的毒舌与孤独也让人物更加立体。
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