园子邀请少年侦探团去冲绳参加“海底古城”探险活动。柯南在海沟发现一座传说中的“绀碧之棺”——琉球王国时期的海葬王棺。当科学团队用机械臂打开棺盖，里面躺着的不是古代国王，而是三年前失踪的世界级黑客的尸体，手中还握着一块刻满古代文字的钛合金板。柯南意识到，这座古棺是有人故意改造的“水底密室”，而死者的死亡时间竟然在棺材被封印之后。更诡异的是，所有参与开棺的科学家接连离奇“溺死”在陆地上。最终柯南与安室透联手推理，发现凶手是利用琉球古代传说中的“水葬诅咒”心理暗示，配合现代催眠技术制造了“陆地溺死”假象。而真相背后，隐藏着二战时期日本陆军在冲绳埋藏的化学武器坐标。
近十年来剧本最扎实的剧场版，没有之一。将琉球历史、现代科技与社会派推理完美融合。海底棺材的密闭空间设计堪称本格推理教科书。动作戏克制但每一场都合理。老粉泪目。
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